学习困难的病因到目前尚不清楚，仍处于探索阶段，造成学习困难的原因是多方面的，总之，既有内因，又有外因;既有个人生理心理方面的因素，也有家庭和社会等环境因素;既有先天因素，也有后天因素。
1、生理因素
(1)儿童在胎儿期、出生时出生后由于某种病伤而造成轻度脑损伤或轻度脑功能障碍。
(2)遗传因素。有些学习技能障碍具有遗传性，如儿童的父亲、爷爷或其他亲属可见到类似情况。
(3)身心发展落后于同龄儿童的发展水平。乳牙脱得慢、走路说话迟、个子特别矮小等;感觉器官功能的缺陷或运动协调功能差。近年来的科学研究显示大多学习困难是由于小脑发展迟缓造成的。
(4)身体疾病。孩子若体弱多病，经常缺课，会使得所学的功课连续性间断，学习的内容联系不起来，自然会导致学习困难;有的孩子上课小动作多，或存在注意缺陷，不能集中注意力，也会导致学习困难。
2、环境因素
(1)不良的家庭环境。由于父母长期在外工作或家庭成员关系紧张等原因，使儿童从小就未得到大人充分的爱抚，特别是缺乏母爱。
(2)儿童在幼年时未得到良好教养，在儿童早年生长发育的关键期，没有提供丰富的环境刺激和教育。
(3)不适当的学习内容和教育方法使儿童产生厌学情绪。有些父母望子成龙心切，他们拔苗助长，不按儿童的身心特点进行教育，常在是教育的内容、方式、方法上违反教育规律。如学前儿童小学化，小学儿童初中化等。
3、营养与代谢
济南儿童医院治疗学习困难。研究证实，儿童学习困难与营养代谢相关，某些微量元素不足或膳食不合理，营养不平衡可影响智力发育。过去认为碘摄入不足影响儿童智力，锂元素影响儿童的性格特征，进而影响学习。有研究表明学习困难儿童发中微量元素锌、铜的含量显着低于正常儿童，而铁也是影响学习成绩的重要因素。
4、心理因素
儿童学习困难与心理因素密切相关过去已有认识，大量研究得以进一步证实，儿童学习困难存在普遍的心理问题。普遍观察得到的结果是学习困难儿童学习动机水平低学习动力不足，学习兴趣差，情绪易波动，意志障碍，认知障碍，自我意识水平低等。
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